Die Versionen sehen gleich aus. Allerdings fehelen in der Wii-Version ein paar Waffenanimationen und Wasser/Lavaeffekte in Metroid Prime (1). Für mich ist es extrem nervig, da ich gerade diese Waffenanimationen immer wunderschön fand, aber du würdest das Fehlen wahrscheinlich nicht einmal bemerken^^ In Prime 2 habe ich keine „Verschlechterungen“ erkennen können, Teil 3 habe ich noch nie in der Trillogie-Fassung gespielt.
Wichtig: Die GC-Originale laufen nur in 4:3, während alle Spiele in der Collectors Edition in 16:9 laufen!
Gameplay: In diesem Punkt sind die Wii-Versionen einfach überlegen. Die Steuerung ist unglaublich schnell, präzise und intuitiv - dass die Spiele einmal eine andere Steuerung hatten, merkt man überhaupt nicht.
Man könnte bemängeln, dass die neue Steuerung das Gameplay in Teil 1+2 deutlich schneller macht, wodurch die Spiele etwas leichter werden… aber auch das würdest du nicht bemerken, da sie immernoch schwer genug sind 
Positiv ist auch, dass Teil 1 und 2 jetzt (wie schon zuvor Teil 3) ein Achievement-System zum Freischalten von Bildergalerien und Soundtracksammlungen bekommen haben. Die Originale mussten, soweit ich mich erinnern kann, zumindest ohne Soundtracksammlung auskommen.
Letztendlich habe ich mit der Metroid Prime Trillogy nur ein einziges Problem: Wie bei den meißten Zusammenfassungen haben alle Spiele einen gemeinsamen Titelbildschirm. Der ist zwar durchaus gut, da er übersichtlich und schön gestaltet ist (und beim Spielstart coole Übergangsanimationen abspielt :bg:), aber der original Titelbildschirm von Metroid Prime war für mich aus einem unerfindlichen Grund signifikant an der Genialität des Spieles beteiligt. Der Screen von Corruption hatte eine ähnliche Bedeutung. Die Soundtracks der beiden waren einfach
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Teil 1 spiele ich seit 2009 überwiegend auf der Wii, aber alle Jubeljahre schmeiß ich auch den Cube wieder an.
Teil 2 spiele ich außschließlich auf der Wii.
Teil 3 spiele ich (natürlich) auf der Wii, allerdings greife ich immer zum original (Titelbildschirm ;))
Mit keiner Version kann man was falsch machen. Ich bin froh, alle Spiele in der Originalverison gespielt zu haben, doch auf die neue Steuerung würde ich nicht verzichten.
Im Zeifelsfall zur Trillogy greifen, da das Gameplay so gut ist wie kein zweites und alle Spiele 16:9 unterstützen.